Dalam rangka membangun jejaring (silaturrahim) terkait dengan peningkatan kualitas mahasiswa dalam penguasaan bahasa Arab, Tahfizul Quran dan kaderisasi ulama Muhammadiyah, Prodi Ilmu al-Quran dan Tafsir menjalin kerjasama dengan 3 (tiga) Mahad Aly (Pesantren Tinggi) di wilayah Solo Raya, pada 3 Maret 2016 bersamaan dengan Kuliah Umum Prodi IQT.
Kesepakatan untuk menjalin kerjasama itu ditandai dengan penandatangan nota kesepakatan kerjasama dengan Pondok Muhammadiyah Hajjah Nuriyah Shabran UMS yang menyelenggarakan program kaderisasi ulama Muhammadiyah sebagai pelaksana program Pimpinan Pusat Muhammadiyah. Dalam kerjasama ini Pondok Shabran memasukkan mahasantrinya ke Prodi IQT untuk memperoleh perkuliahan dan gelar sarjana Ilmu al-Quran dan Tafsir dengan beasiswa penuh dari PP Muhammadiyah.
Lembaga kedua yang melakukan penandatangan nota kesepakatan kerjasama adalah Mahad Abu Bakar as-Shiddiq UMS yang menyelenggarakan pendidikan bahasa Arab, sehingga dengan kerjasama ini mahasiswa IQT memiliki kemampuan bahasa Arab yang memadai untuk mendalami Ilmu-ilmu al-Quran dan Tafsir.
Selanjutnya, lembaga yang ketiga, adalah Mahad Aly Baitul Hikmah Li Tahfizhil Quran wa Dirasat Islamiyah, Pesantren tingkat tinggi yang menyelenggarakan pendidikan tahfizul Quran dan Studi Islam, kerjasama berupa pembekalan hafalan Quran, dan pertukaran mahasiswa untuk mengikuti Program pendidikan di Prodi IQT dan Mahad Aly Baitul Hikmah, sehingga mahasantri Mahad Aly (yang memenuhi syarat) dapat memperoleh perkuliahan dan gelar S1 Ilmu Al-Quran dan Tafsir, demikian juga mahasiswa Prodi IQT memperoleh bekal tahfizul Quran hingga 10 sd 30 Juz. (sh)